紫外線是一種肉眼看不見的光波存在于光譜紫外線端的外側，故稱之為紫外線，依據不同的波長范圍，被割分頭A、B、C 三種波段，其中的 C 波段紫外線波長240-260nm之間，為有效的殺菌波段，波段中之波長強點是 253.7nm。超純水機紫外消毒的殺菌原理是利用紫外線光子的能量破環水體中各種病毒、細菌以及其它致病體的 DNA 結構。主要是使 DNA 中的各種結構鍵斷裂或發生光化學聚合反應，例如使DNA中THYMINE 二聚，從而使各種病毒、細菌以及其它致病體喪失復制繁殖能力，達到滅菌的效果。波長為 185nm 的紫外線與空氣作用會產生臭氧，臭氧是強氧化劑,具有殺菌效果和對有機物的消解作用，能有效的降低TOC。

紫外線滅菌儀在小流量的純水設備中常見，作為有效的滅菌裝置，可以對通過過流腔的溶液內的細菌、病毒進行處理。殺菌的效率與 253.7nm 波長的紫外線與液體接觸的時間，以及照射強度有關。紫外燈管都有一定的壽命，長期使用的紫外燈管照射強度降低，影響滅菌效果，應予以更換。

常見的紫外滅菌儀分為過流式和浸沒式，優普使用的過流式通常由過流腔體(304 不銹鋼材質，內壁拋光)、紫外燈管、套管(石英玻璃對紫外線無阻擋)、電源構成，高檔的過流式紫外滅菌儀還有計時器和光強監測，可以觀測紫外燈管的使用時間和紫外線的照射強度。